Kabataş Erkek Lisesi 1908'de Kabataş semtindeki Esma Hatun Konağında ''Kabataş Mekteb-i İdadesi'' adıyla ilk müdür Hasan Tahsin (Ayni) Bey yönetiminde kuruldu ve 7 sınıf, 276 öğrenci ile 1909'da öğretime başladı.

    Balkan Savaşı'na diğer okullar gibi Kabataş'tan da birçok öğretmen ve son sınıf öğrencisi katıldı. Savaş sonucunun ülkede yarattığı büyük üzüntü ve ilan edilen genel yas sonucunda, 7 Mart 1913'te okul flamasının kırmızı-beyaz olan renkleri ''kırmızı-siyah ''olarak değiştirildi.

Okul 1913'te beş sınıflı ilk kısmı açılarak 12 sınıflı sultaniye dönüştürüldü ve ''Kabataş Mekteb-I Sultanesi ''adını aldı.1919'da yatılı kısmı açıldı.Cumhuriyet'in ilanı ile sultaniler kaldırılınca, Kabataş Mekteb-I Sultanisi 1923-1924 öğretim yılında ''Kabataş Erkek Lisesi'' oldu, 1925-1926 öğretim yılında ilk kısmı kaldırıldı. Lise,1928-1929 öğretim yılında, 19. Yüzyılın ikinci yarısında padişah yakınlarının yazlık ikametgahı olarak yapılmış olan Feriye Sarayları'nın günümüzde öğretim yapılan binasına taşındı.
    1934 yılında okul bahçesinde bulunan ve Ağalar Dairesi adıyla bilinen, cadde üzerindeki eski bina onarılarak konferans salonu ve laboratuvarların yer aldığı ''Kültür Binası'' olarak kullanıma açıldı.
    Öğrenci sayısının artması nedeniyle 1941-1942 ve 1959-1960 öğretim yıllarında orta kısmı 2 kez kapatılan ve yalnız lise olarak devam eden Kabataş Erkek Lisesi binalarına, Feriye Sarayları'nın Beşiktaş Ortaokulu olarak kullanılan bugünkü yatakhane binası da ''Pansiyon Binası'' olarak eklendi. 1979-1980 öğretim yılında okula 42 kız öğrenci kaydedildi. Kız öğrenciler yalnız bir yıl okuduktan sonra Beşiktaş Ortaokulu'na nakledildiler.
    1987'de ''Kabataş Erkek Lisesi Eğitim Vakfı'' kuruldu. 1992-1993 öğretim yılında karma eğitime ve ''Yabancı Dil Ağırlıklı Türkçe Eğitim/Süper Lise'' programına geçildi, İngilizce hazırlık sınıfı açıldı. 1994-1995 yılından itibaren kız öğrencilere de yatılılık olanağı sağlandı. Okulun bitişiğindeki eski kömür deposu ve sonradan Tekel deposu olan Feriye Karakolu ve Zaptiye Koğuşları 1989'da Kabataş Erkek Lisesi Eğitim Vakfı'nın çabalarıyla okul alanına dahil edildi ve restore edilerek 1995'den itibaren ''Eğitim ve Kültür Sitesi'' olarak hizmet vermeye başladı
    1998-1999 eğitim yılından itibaren ''Anadolu Lisesi'' statüsüne alınan Kabataş Erkek Lisesi’nde 2009-2010 eğitim yılı itibariyle 635 öğrenci okumaktadır. 75 kız ve 150 erkek olmak üzere 225 yatılı öğrenci vardır.